案例分析：工业用地投资于物流企业，物流企业将土地用于房地产开发，如何确定土地成本

A公司拥有一块工业用地，成本为1亿元；B公司为从事物流和兰花种植的非房地产开发企业。2×08年5月，A公司将工业用地按公允价值3亿元对B公司投资入股，供B公司扩大物流及兰花种植业务。A公司于2×10年10月将持有B公司的股权转让给C，转让价3.6亿元。B公司于2×11年8月经政府批准将上述工业用地性质变更为住宅用地，并补缴了土地出让金1.5亿元。

问题一：上述工业用地过户时，A公司要缴纳土地增值税吗？

问题二：A公司工业用地的评估增值2亿元，是否要计入A公司当年应纳税所得额？

问题三：当B公司开发并销售住宅时可抵扣土地增值税的土地成本是多少？可抵扣企业所得税的土地成本是多少？

【税务分析】

（1）A企业将土地使用权投资于非房地产企业，继续执行《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）规定，免征土地增值税。A公司转让B公司股权时，也不征收土地增值税。B公司3年后土地补缴出让金将工业用地变性为开发用地，A公司同样无须补缴土地增值税。

（2）依据《企业所得税法实施条例》第二十五条、《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）规定，企业以非现金资产对外投资，因其发生了所有权转移，应视同销售确认资产转让所得。土地评估增值，应当并入A公司当年应纳税所得总额，缴纳企业所得税。

但依据《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，B公司收购A公司非现金资产（土地使用权），如果收购非现金资产（公允价值）占全部资产总额（公允价值）的比例超过50%，并且B公司以本企业股权作为对价，可以选择适用特殊重组办法进行所得税处理。即A公司暂不确认资产转让所得，相应地，A公司取得B公司股权的计税基础按照1亿元确定，将来计算股权转让所得时，按照计税基础扣除。

（3）B公司接受投资的土地使用权应当以公允价值作为计税基础，在计算土地增值税和企业所得税税前扣除。“取得土地使用权所支付的金额”包括现金、非现金资产、权益工具或承担的债务金额。接受投资的土地使用权，是以支付权益工具（股权）为代价取得的，其股权的公允价值与土地使用权的公允价值相等，其取得土地使用权支付的价款，即投资合同确认的价格（投资时的评估价）3亿元，此外，补缴的土地出让金1.5亿元以及缴纳的契税一并构成土地使用权的计税成本。