土地增值税清算 -分期开发清算单位如何确定

基本情况：某房地产公司20X7年取得15万平米土地用于项目开发，20X7年2月取得当地发展和改革委员会下的《关于建设××房地产项目核准决定书》，明确建8栋住宅共3.2万平米。同年3月当地规划国土资源部门下发2个《建设工程规划许可证》，其中《建设工程规划许可证》（01号）明确建一期项目（商业广场一幢、住宅项目6栋，面积2.4万平方米）；《建设工程规划许可证》（02号）中明确建二期项目（建设住宅项目2栋，面积0.8万平方米）。两期项目20X9年同时开工，20X1年12月预售，20X3年销售完，符合应清算条件。纳税人账务核算时将一期和二期设一个成本核算对象。土地增值税申报以一个清算单位进行清算申报，自行申报应补土地增值税11万元。

分析：根据国税发［2006］187号第二条规定：土地增值税以国家有关部门审批的开发项目为单位清算，分期开发项目，以分期项目为单位清算。该项目取得当地发展和改革委员会审批《房地产项目核准决定书》，当地规划和国土资源部门审批两个《建设工程规划许可证》。根据辽地税函[2012]92号规定：分期开发项目，税务机关应以住建部门或国土规划部门下发的《建设工程规划许可证》确定分期建设项目作清算单位。因此本项目应以当地规划和国土资源部门发的《建设工程规划许可证》确定两个分期项目作清算单位，既不能以当地发展和改革委员会核准的一个项目清算，也不能以企业财务核算时按企业所得税要求设的一个成本核算对象确定为一个清算单位，不能混淆企业所得税成本核算对象与土地增值税清算单位。

经审核，一期项目普通住宅增值率超20%，一期应补土地增值税863万元，二期应补土地增值税207万元，合计1070万元，较自行申报结果多补1059万元