房地产开发项目在土地增值税清算时，扣除项目中包括房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金、财政部规定的其它扣除项目。今天我们主要来讨论下，土增清算“与转让房地产有关的税金”如何进行扣除？
房地产企业开发项目，在土增清算时，很多财务人员混淆，将财务上计入“税金及附加”科目的相关税金，均在土增前计算扣除。但是根据《土地增值税实施细则》等相关文件规定，可以扣除相关的税金仅仅包括营业税、城建税、教育费附加、地方教育费附加，但不包括印花税、城镇土地使用税。在计算可扣除的税金时，大家需要注意区分是新项目还是老项目。若为房地产老项目，由于房地产开发及销售周期的原因影响，该项目有可能存在营业税收入和增值税收入，那么在计算相关税金时，需将营业税收入和增值税收入分别计算，以营业税和增值税为依据，计算可扣除的城建税、教育费附加、地方教育费附加。新项目在计算增值税时，首先在计算销售额时，扣除地上可售面积对应的土地价款，再计算销项税额；应缴纳的增值税等于销项税额减去进项税额。在土地增值税清算时，需要分别按照普通住宅、非普通住宅、其他商品房三种不同业态分别计算，但是企业计算的应缴增值税为项目整体增值税，如何将应缴的增值税及附加税费分别按照三种业态进行分配？在实务操作中，出现了两种不同的声音：第一种：按照销售收入比例进行分配计算，增值税是以收入计算依据，而城建税、教育费附加、地方教育费附加均以增值税为计算依据，故按照销售收入比例分配计算合理；第二种：按照可售面积比例进行分配计算，在计算增值税销项税额时，按照可售面积比例计算可扣除的土地价款，从而计算出销售额和销项税额，减去进项税，计算的应缴增值税，以增值税为依据，计算的城建税、教育费附加、地方教育费附加，故按照可售面积比例进行分配计算合理。其实城建税、教育费附加、地方教育费附加作为可扣除的税金，在计算分配时，无论按照销售比例还是可售面积比例，均需要提前与主管局做好沟通，两种不同的计算方法，会对土增结果造成重大影响。
