A公司于2014年12月取得 B房地产开发项目 A公司，该项目于2015年12月通过招拍挂取得土地使用权，土地面积43059.69平方米（建筑面积）。合同约定总价款为9000万元。已缴土地增值税税款1060万元，未交土地增值税税款726万元。2018年3月31日 B公司将其持有的 B房地产开发项目的土地使用权作价2880万元，其中，容积率为3.0的商业建筑面积10800平方米（建筑面积),未开发部分为地下面积2570.62平方米的土地使用权按评估值9000万元作价780万元出售给其他单位进行清算并缴纳土地增值税。同时 B公司还将 A公司的商业建筑工程总承包合同价款5500万元在项目施工期间转入至 A公司代建项目施工过程中，该项目于2019年4月30日竣工并交付使用、并办理了产权证。”在企业发生上述情形时如何进行土地增值税清算？
1、应按照评估值扣除项目金额后的余额作为土地增值税征收依据
对于房地产开发项目而言，《土地增值税暂行条例》第四条规定，“本法所称项目，是指转让国有土地使用权、地上建筑及附着物并取得收入的行为。”因此，在清算土地增值税时，企业需按照评估值扣除项目金额后的余额作为土地增值税征收依据，即按照转让房屋所发生的所有土地增值税应税行为全额缴纳土地增值税。
根据《土地增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定：“纳税人转让国有产权，或者将其变更为个人独资企业、联营企业、承租企业以及其他单位和个人使用的土地，发生土地增值税应税行为，不适用转让旧房免征土地增值税规定或者只允许扣除20%数额规定。”因此，根据上述规定，如本次案例中，当 B公司转让股权时，由于对利润分配方式尚未达成一致意见，故本次转让股权涉及的应税行为数额为0;当 B公司将商业建筑工程总承包合同价款5500万元在项目施工期间转入至 A公司代建项目施工过程中，该项目于2019年4月30日并交付使用、并办理了产权证后便开始计算纳税义务，在清算时应按照评估值扣除项目金额后余额缴税；同时 B公司将该项目于2019年4月30日竣工并交付使用后便开始计算缴纳土地增值税。
2、对取得在建工程的清算方式，参照适用《财政部国家税务总局关于进一步完善房地产开发经营、若干土地增值税政策的通知》（财税〔若2014〕117号）号
《土地增值税暂行条例实施细则》（国家税务总局公告2014年第30号）第三条规定：“纳税人进行土地增值税自行清算时，其增值额（扣除项目金额)=(转让房地产总额-已售住房价款）÷(1+增值额）×土地增值税税额第五条规定：纳税人通过招拍挂取得房地产开发用地，其中地上建筑物及其附着物按照土地使用权签订期限分别计算增值额，土地使用权面积与规划批准建筑面积相同的，按照规划批准建筑面积计算增值额；规划无相关批准文件或者未按规定进行公示，或者公示期间未收到有关部门予以批准或者未公示等不能确定其价格标准的土地上新建楼栋的，以已售住房单价和建筑面积分别核算增值额；已售住房单价和建筑面积低于规划批准建筑面积且无法提供合法有效凭证依据确认土地使用权转让收入的，可以按照投资额核算增值额，并可加计10%扣除。该规定自2014年1月1日起施行。
3、对代建工程的清算方式，参照适用《财政部国家税务总局关于继续实施房地产开发企业土地增值税政策有关问题的通知》（财税〔值2016〕36号）号
第五条对转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的房地产开发企业，以项目实施完毕实际完成的工程总承包合同价款与代建工程结算价款之和为扣除项目金额。计算公式为：项目实际完成的施工总承包合同价款=(1-已建工程价格-代建工程销售价格）÷建设成本×适用税率。其中，已经建成的房地产开发产品按评估值扣除土地使用权等有形资产成本后的余额作为清算金额，剩余部分可结转至下一年度销售。第五条对房地产开发企业取得国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入，而进行代建工程施工过程中未完工的，不征收土地增值税。对代建工程施工过程中竣工验收尚未完成但已完成开发销售等交易行为，不征收土地增值税。注：代建工程在项目施、施工期间分别计入房地产开发企业和房地产开发项目两个财务会计科目进行核算的情形除外，应当同时办理土地增值税清算手续。
4、对已竣工尚未出售房产，暂不作清算、预缴房产税和土地增值税处理
房地产开发企业应当及时将土地使用权转让给项目开发完成后的若干年内转让房地产，但实际情况中许多人由于各种原因不能按规定及时完成土地使用权转让。根据《国家税务总局关于明确全面推开营业税改征增值税试点有关土地增值税问题的通知》（国税函〔2016〕198号）第一条规定，房地产开发企业因销售自行开税试点有关土地增值税问题的通知》（国税函〔2016〕198号）第一条规定，房地产开发企业因销售自行开发房地产项目取得的收入，可扣除在开发商品房交易过程中发生的相关税费后办理土地使用权转移手续或从转让房地产中分得收入，但应预缴土地增值税或者房产税。所以，对已竣工尚未出售的房产可暂不作清算或预缴土地增值税。如 B公司将该项目中涉及地上和地下部分分别转让给 A公司和 C公司，其转让部分涉及地上部分应由 A公司预缴土地增值税或消费税、房产税及所得税。同时还应将该项目涉及地上部分的房屋建筑面积2570.62平方米及地下部分8359.36平方米一并纳入转让范围，由 A公司按比例预缴土地增值税或房产税、土增税。因此，对于无法在竣工前预缴土地增值税和房产税的情况下, A公司应按照上述规定办理清算并预缴土地增值税或房产税
